Não é possível usar relacionamentos espaciais na ferramenta Ligar feições quando pelo menos uma das camadas de entrada é uma tabela. Esta mensagem de aviso indica que o comando Ligar feições foi executado no ModelBuilder com ambas opções Usar relacionamentos espaciais e Usar relacionamento de atributos habilitadas e que a ligação foi concluída usando apenas o relacionamento de atributos.
Solução
Desative a opção Usar relacionamento espacial ao usar uma entrada de tabela para evitar que o aviso seja exibido em execuções futuras do modelo.