説明
操作を実行するには、ポリゴン入力に穴を形成できないようにする必要があります。ツールによっては (たとえば [ポリゴンで抽出 (Extract by Polygon)] などは)、評価/抽出対象の領域をポリゴンを介して定義するものがあります。処理/選択対象となるのは、ポリゴン内部のセルだけです。処理対象領域を定義する大きいポリゴンの内部に、「ドーナツ穴」あるいは「島」と呼ばれる小さいポリゴンを含めることはできません。また、処理/選択対象領域から除外される領域を定義する大きいポリゴンの内部に、小さいポリゴンを含めることはできません。
解決策
処理/選択対象の領域を定義するポリゴンに、サブポリゴンが一切含まれていないことを確認してください。