In seltenen Fällen kommt es zu einer Beschädigung der File-Geodatabase, sodass sie nicht mehr geöffnet werden kann. Meist tritt dies ein, wenn eine oder mehrere Dateien im Verzeichnis der File-Geodatabase gelöscht wurden. Zumeist sind in diesen Dateien die Systemschematabellen enthalten (die wiederum die Dateinamen enthalten) sowie die Metadaten-Dateien der Geodatabase, in denen Beziehungen und komplexe Datentypen wie Topologien und geometrische Netzwerke definiert sind. Mit dem Werkzeug File-Geodatabase wiederherstellen werden die einzelnen Tabellen im Verzeichnis der beschädigten File-Geodatabase geöffnet, woraufhin der Datei-Header gelesen und eine Kopie der einzelnen Tabellen in einer neuen File-Geodatabase erstellt wird. Sind die Systemschematabellen noch vorhanden, werden die Tabellennamen beibehalten; andernfalls werden neue Namen zugewiesen.
Das Werkzeug File-Geodatabase wiederherstellen kann nur Simple-Feature-Classes (Point, Multipoint, Polyline und Polygon) sowie Tabellen wiederherstellen. Komplexe Daten wie Annotationen, Raster-Datasets, Netzwerke und Beziehungen werden nicht wiederhergestellt. Nach der Wiederherstellung der File-Geodatabase müssen Sie diese komplexen Datasets neu erstellen.